Cebulę i czosnek należy drobno posiekać, a paprykę pokroić w kostkę. Podsmażyć na oleju czosnek i cebulę, dodać paprykę smażyć. Gdy papryka będzie miękka dodać pomidory oraz przyprawy (sól, pieprz, chilli, kmin rzymski  mielony i papryka słodka lub wędzona). Całość doprowadzić do wrzenia i gotować aż woda odparuje, a sos zrobi się gęsty. W sosie należy zrobić wgłębienia na jajka i je w nie wbić. Danie można przykryć pokrywką i smażyć na małym ogniu aż jajka się zetną lub zapiec w piekarniku przez 10 minut 180 °C. Shakshukę należy podawać na ciepło posypaną liśćmi kolendry lub pietruszki. Można jeść ją z pieczywem lub kaszą.